Заснований 1890 року як «давньосховище» старожитностей на базі зібраних членами Комітету пам'яток з історії й культури Поділля та здійснених ними численних описів міст, містечок і сіл губернії. З початку свого існування музей формувався як краєзнавчий заклад, що зосереджував різноманітні матеріали та відомості з місцевої історії, природи, народного побуту і мистецтва. 1903 у зв'язку з перетворенням Комітету на Подільське церковне історико-археологічне товариство відповідно змінилася й назва заснованого при ньому музею. Очолював обидві інституції відомий дослідник Поділля Ю. Сіцінський, який уклав та опублікував (1904, 1909) детальні описи пам'яток музею (понад 7,5 тис. одиниць зберігання). Поряд із церковними старожитностями (близько 2 тис. одиниць) найзначнішими були колекції пам'яток археології та історії (близько 3,5 тис.), етнографії (понад 1 тис.), «мови і письма» (близько 1 тис.), образотворчого мистецтва (понад 600 одиниць). До збірок історичного змісту входили: нумізматична колекція; матеріали, пов'язані з соціально-економічним розвитком міст (діяльністю магістратів, ремісничих цехів і управ); підбірки стародавніх карт, планів, атласів губернії, деяких населених пунктів і фортець; грамоти й автографи відомих історичних осіб; рідкісні примірники рукописів і стародруків (16–17 ст.). У 1920-ті рр. пам'ятки зібрання увійшли до складу місцевого історико-археологічного музею (нині — Державний історико-культурний заповідник у Кам'янці-Подільському).
1937 року розмістився на території Старої фортеці.
1997 року фонди музею-заповідника перевезено у нові відреставровані приміщення. Директором музею стала Л.П. Станіславська. Після капітального ремонту 1999 року в пам'ятці архітектури 18-19 ст. створено нову експозицію художнього відділу музею. Розпочато великий обсяг реставраційних робіт у баштах і підземеллях фортеці. 2001 року у залах колишнього Вірменського торгового будинку, пам'ятці архітектури 16-17 ст. побудована експозиція відділу археології. У залах Ратуші музеєм побудовані експозиції відділів: «Історія грошового обігу на Поділлі», «Історія Магдебурзького права та самоврядування на Поділлі». У 2006 році музейні працівники розпочали проведення нічних екскурсій у фортеці. У 2008 році рішенням міськвиконкому музею передано приміщення Вірменської криниці — пам'ятки архітектури XVII ст. 2009 року на території Старої фортеці відкрито нову історичну експозицію «Поділля у ХХ-XIX ст. ст.». З 2011 року директор музею — Травінський Віктор Степанович.
Кам’янець-Подільський державний історичний музей-заповідник внесений до міжнародного реєстру визнаних всесвітніх музеїв
Адреса: Кам'янець-Подільський, вул. Соборна,29А
Телефон: (03849) 3-39-03
